Le Restaurant du Musée est un lieu respectueux des traditions à tous les niveaux. Côté cuisine, ses andouillette gratin dauphinois et autres spécialités lyonnaises l'ont classé parmi la vingtaine d'authentiques Bouchons Lyonnais. Côté cadre et décor, il a été aménagé il y a plusieurs siècles, dans les écuries de l'ancien Hôtel de Ville de Lyon. La salle est d'ailleurs classée monument historique et donne un réel aperçu de l'architecture de l'époque. Un bel exemple de tradition lyonnaise.